Bonsaje
V roce 1974 byla založena sbírka bonsají. Zahrada se tak stala průkopníkem jejich pěstování u nás. Sbírku založila Kamila Skálová. Původně byly tvarovány především domácí dřeviny. Bonsaje byly umístěny před správní budovou v Ornamentální zahradě. V roce 1979 pořádala BZ první výstavu bonsají v Muzeu hlavního města Prahy.
První výstava bonsají byla v Muzeu hlavního města Prahy v roce 1979
Díky velkému zájmu návštěvníků dokonce vznikl Bonsai klub
Výstavu připravili Kamila Skálová a Petr Herynek. U veřejnosti měla velký úspěch, zhlédlo ji 25 000 návštěvníků. Výstava vedla k myšlence založit specializovanou organizaci Českého svazu zahrádkářů, která by se pěstováním bonsají zabývala. V roce 1980 vznikl Bonsai klub.
Nejcennější zahraniční exponáty pocházejí z botanických zahrad v Pekingu a v Šanghaji, dovezené díky projektu MŠMT Kontakt II M620 a M619 v letech 2006 a 2007. Kromě živých bonsají – penjingů byla dovezena i řada vzácných kamenů, nakoupených během čínských expedic. Jejich výběr zajišťovala především Kamila Skálová.
Botanická zahrada pořádá od roku 2005 každoročně specializovanou výstavu věnovanou bonsajím. Koná se trochu netradičně pod širým nebem přímo v Japonské zahradě. V roce 2016 se zahrada starala o 75 bonsají. V současnosti se o sbírku bonsají pečuje Miroslav Horský.
