Cibuloviny
První drobné cibuloviny pěstoval u objektu Svoboda Václav Voženílek záhy po založení zahrady. Rostliny pocházely z tehdejšího Výzkumného ústavu okrasného zahradnictví (dnes Výzkumný ústav Silva Taroucy pro krajinu a okrasné zahradnictví – VUKOZ). Rozsáhlejší sbírka vznikla s nástupem Vladimíra Humla. Podle publikace Cibulové a hlíznaté rostliny vydané v botanické zahradě v roce 1984 byly rostliny množeny na ploše 200 m2 a expoziční záhony s květuschopnými rostlinami zabíraly asi 700 m2. Původně se jednalo především o komerčně dostupný materiál.
Sortiment cibulovin pořízených na expedičních cestách do Španělska, Francie a Turecka v letech 1994–1997 představuje velmi cenný genofond a také základ výsadeb v geografické expozici Středomoří a Turecko. Na těchto expedicích se sběru a dovozu rostlin věnovali především Vladimír Huml a Pavel Sekerka, ale i další kurátoři a někteří externisté, například Jan Stanzel.
Sortiment tulipánů, konec devadesátých let
Cibulovinám byl také věnovaný první pěstební skleník postavený po roce 1989 v dnešní Horní zahradě. Od devadesátých let jsou cibuloviny z expozičních záhonů a sbírkových skleníků postupně vysazovány do smíšených trvalkových výsadeb v Ornamentální zahradě a na Pivoňkové louce v Areálu Sever.
Kromě sběrů v přírodě byla sbírka od roku 2000 doplňována nákupy od domácích i zahraničních specializovaných firem (Cambridge Bulbs Nursery, Dix Export, Jim and Jenny Archibald, Jošt Import, Monocot, Paul Christian, Potterton et Martin, Janis Rukšans a další). V roce 2016 sbírka zahrnovala 3 000 botanických druhů původem ze Středozemí a Turecka uchovávaných především ve sklenících a na záhonech v pěstebních zázemích, v expozicích bylo vysazeno 1 000 taxonů.
Největším zastoupením se mohou pochlubit rody Crocus, Colchicum, Narcissus, Muscari, Bellevalia a Cyclamen, který je až na poslední popsaný druh kompletní. Více než 1 000 vyšlechtěných kultivarů se uplatnilo v expozicích. Drobné cibuloviny mohou návštěvníci zahrady obdivovat ve skalkách, mohutnější záhonové druhy našly své místo ve smíšených výsadbách takřka po celé zahradě.
Po celou dobu patřily cibuloviny k nosným, později prioritním sbírkám trojské botanické zahrady. Byly předmětem mnoha výstav, přednášek a komentovaných prohlídek.
Díky darům od klubu Martagon získal Vladimír Huml v 80. letech 20. století také rozsáhlou sbírku lilií. Vedle kosatců se staly velkým lákadlem pro návštěvníky. Zahrada je prezentovala jak ve svých expozicích, tak i na výstavách mimo areál zahrady. V roce 1985 jich na výstavě v době konání otevřených dveří představila na 2 000 kusů. Vzhledem k pěstební náročnosti byla sbírka redukovaná již v devadesátých letech. Ale i dnes se návštěvníci mohou seznámit s liliemi vysazenými v nádobách i volné půdě v Ornamentální zahradě.
Lilie jsou pro návštěvníky velmi atraktivní, 2004
Hlíznaté aronovité, především rod Arum, shromáždil během expedic do Středozemí a Turecka Pavel Sekerka v devadesátých letech. Rostliny jsou umístěny v cibulovém skleníku Horní zahrady, o sbírku se stará Jan Ponert.
Zahradní hlíznaté rostliny začal pěstovat Vladimír Huml, kolekce postupně převzala Iveta Bulánková. Pravidelně jsou vysazovány v Ornamentální zahradě v sousedství expozice denivek, kaly (Zantedeschia – 44 druhů a odrůd) jsou pěstovány v nádobách a vystavovány byly nejprve v Ornamentální zahradě a nyní v Horní zahradě. V současnosti pěstujeme 64 odrůd jiřin a 38 odrůd mečíků.