Skalničky
První, ambiciózní generel počítal s vybudováním rozsáhlého alpina na skalách v Podhoří. Proto záhy po založení zahrady vzniká sbírka skalniček v zahradách pod Svobodou. Sbírku měl na starosti Karel Mach. Skalky po roce 1989 vznikaly postupně s budováním expozic. Nejstarší dodnes zachovaná skalka byla u dnešního skalničkového skleníku. Byla osázená především kobercovitými výsadbami nízkých skalniček, například plaménků a rozchodníků. Skalku navrhl a vybudoval šéfzahradník Petr Kosina.
Skalky jsou nedílnou součástí geografických expozic Turecka a Středozemí (otevřeno 1997). V návaznosti na expozici zimovzdorných kaktusů v Horní zahradě vznikala postupně severoamerická skalka. Původní skalku a výsadby připravil Pavel Sekerka, výsadby byly spíše ornamentální a nahodilé, ucelená sbírka vzniká nástupem Petra Hanzelky.
Základem expozic Středozemí a Turecka a později i Severní Ameriky byly expediční sběry kurátorů botanické zahrady. Semena skalniček, především pro fytogeografické expozice, byla získávána výměnou mezi botanickými zahradami v rámci Indexu Seminum a nákupem od specializovaných semenářských firem (Alplains, Rocky Mountain Rare Plants, Siskiyou Rare Plants, SW Native Seeds).
Koberce tařičky (Aubrieta) na skalce
Výstava sortimentu netřesků, 2010 Velká část rostlin pochází také od členů českých klubů skalničkářů a českých zahradnických firem (Filuna, Botanické zahradnictví Eva a Josef Holzbecherovi).
Skalničky byly prezentované i na řadě výstav jak v botanické zahradě, tak i na výstavách Klubu skalničkářů Praha. Výstavy skalniček a mrazuvzdorných sukulentů v botanické zahradě byly zaměřeny především na rostliny v nádobách, hlavně netřesky, které připravoval Petr Horáček.
Skalničkový skleník, 2009 Výstava netřesků byla v letech 2003, 2004, 2005 a 2010, osázených hypertufových nádob v roce 2017 a 2018. V roce 2016 bylo v expozici Severoamerické polopouště a Prérie cca 750 položek skalniček a trvalek a na expozici Středozemí a Turecka 850 položek. Kurátorem sbírky je Petr Hanzelka.
K velmi významným sbírkám botanické zahrady se záhy po jejím vzniku stala také sbírka zimovzdorných kaktusů. V roce 1974 byl v botanické zahradě založen záhon s výsadbou venkovních kaktusů, především opuncií. Sbírku založil a vedl Jiří Novák, na vzniku sbírky v počátcích spolupracoval také MUDr. Chmelíček z Třemošnice, probíhala též spolupráce s botanickou zahradou v Halle. Sbírka patřila v 70. a 80. letech mezi chlouby botanické zahrady. Byla umístěna v dnešní Horní zahradě, jejich výsadba byla označovaná jako Mexiko. Od konce devadesátých let se o ni staral Eduard Chvosta. Postupně byla doplněna i o další sukulenty a xerofyty, které mohou přežít v klimatických podmínkách střední Evropy. Nejvýznamněji jsou zastoupené kaktusovité – Cactaceae a chřestovité
Asparagaceae. Záměrem bylo a je vyzkoušet introdukci dalších druhů, zde se uplatňují zejména druhy vypěstované ze semen získaných během expedic botanické zahrady do USA (2005). V roce 2016 jsme pěstovali 30 taxonů zimovzdorných sukulentů.
Expozice Mexiko v zimě 2005 Dnes sbírka zahrnuje necelou stovku druhů, ale mnoho položek má známý původ, což je z hlediska genofondu nespornou výhodou. Nejčetnějšími jsou nopály rodů Opuntia a Cylindropuntia, které se uplatňují hlavně v expozici Severoamerické polopouště, kde pěstujeme i dlouhodobě osvědčené kultivary těchto kaktusů. Z takzvaných kulovitých kaktusů se zde nejlépe daří zástupcům rodu Echinocereus. Nejnápadnějšími rostlinami sbírky jsou druhy rodu Yucca, a to zejména nejznámější a nejotužilejší Yucca filamentosa. Další druhy Yucca baccata, Yucca glauca a Yucca harrimaniae jsou choulostivější. Pěstujeme zhruba desítku druhů Agave. Choulostivější rostliny, které sice přečkají úspěšně mráz, ale nesnesou přemokření substrátu, byly nejprve vystaveny u Správní budovy 1 v Nádvorní ulici, nyní jsou v malém skleníčku v Horní zahradě. Kurátorem sbírky je Eva Smržová.