Sukulenty byly součástí výsadeb ve skleníku Fata Morgana již od jeho počátku, ale vlastní vznik sbírky lze datovat příchodem Evy Smržové v roce 2001. Základem sbírky se staly již zmíněné expedice a nákup rostlin od firmy Exoflora (2001). V roce 2002 se ve sbírce pěstovalo cca 350 druhů sukulentů. Sbírka se začala rozrůstat po dokončení skleníku Fata Morgana a hlavně po dokončení zásobního skleníku v zázemí administrativní budovy, ve kterém byly vytvořeny vhodné podmínky pro její pěstování.
Rostliny pocházely z výměny mezi botanickými zahradami, z nákupů na expedicích na Madagaskar a do Jihoafrické republiky, kde se podařilo zakoupit i rostliny a semena se známým původem. Významným zdrojem těchto rostlin byl i nákup semen od jihoafrické firmy Silverhill Seeds a nákupy rostlin od firem v ČR. Nyní patří sbírka sukulentů a xerofytů k významným sbírkám BZP s vysokým množstvím sběrových položek známého původu. Rostliny se uplatňují v expozičních plochách skleníku Fata Morgana a expozici Svět sukulentů v Horní zahradě.
Sbírky jsou opakovaně vystavovány v rámci větších tematických výstav. Sbírka obsahuje zhruba 165 rodů ze 40 čeledí. 780 položek patří mezi rostliny chráněné úmluvou CITES. Výrazně jsou zastoupeny kriticky ohrožené rostliny z Madagaskaru. Najdeme zde i z pro sukulenty netypických čeledí. Příkladem je endemická rostlina z Havajských ostrovů Brighamia insignis, jediný sukulentní představitel čeledi Campanulaceae, druh, který je v přírodě již nejspíše vyhynulý. Kurátorem sbírky je Eva Smržová.
Sukulentní část skleníku Fata Morgana v roce 2006
Expozice Svět sukulentů, 2019
Orchideje
Experimentální, veřejnosti nepřístupnou sbírkou, která vznikla v polovině devadesátých let, je sbírka zemních orchidejí, kterou založil Pavel Sekerka. Rostliny pocházely především z expedičních sběrů ve Středozemí. Sbírka byla nejprve umístěna v pěstebním lexanovém skleníku před Správní budovou 1 v Ornamentální zahradě. Později byla přestěhována do cibulového skleníku v Horní zahradě. Bohužel tento skleník nebyl příliš vhodný, a tak došlo k redukci sbírky. Po dokončení pěstebního zázemí v Areálu západ se sbírka přesunula do něj. Jako kurátor se jí ujal Jan Ponert. Podařilo se získat nové položky z dalších expedičních sběrů i z nákupů a výměn s dalšími pěstiteli. Kromě dalších druhů ze Středomoří se sbírka rozrostla o rostliny z jižní Afriky, Austrálie a některých dalších částí světa. Zároveň se ve spolupráci s Katedrou experimentální biologie rostlin PřF UK podařilo rozpracovat metody umělého rozmnožování řady zemních orchidejí, což umožnilo další obohacení sbírek. V současné době je tato sbírka unikátem mezi evropskými botanickými zahradami. Kurátorem sbírky je Jan Ponert.
Sbírka tropických orchidejí začala vznikat po nástupu ředitele Jiřího Haagera. Do lexanového skleníku před správní budovou 1 v Ornamentální zahradě umístil orchideje z jeho sběrů ze 70. a 80. let.
Phalaenopsis schilleriana
Základem sbírky se staly též expediční sběry botanické zahrady do Nikaraguy (1997), Guatemaly (1997) a Vietnamu (1999), kterých se zúčastnili Jiří Haager a Romana Rybková. Významným přírůstkem byla v roce 2000 sbírka vietnamských orchidejí, kterou zahradě daroval Karel Petrželka. Po odchodu Jiřího Haagera v roce 2001 veškeré tropické rostliny včetně orchidejí převzala Romana Rybková.
Paraphalaenopsis labukensis
Sbírka se několikrát stěhovala, část zůstala v dnes již zbouraném lexanovém skleníku, další rostliny byly dočasně umístěny v botanické zahradě v Plzni. Během výstavby skleníku Fata Morgana méně náročná část sbírky musela zvládnout podmínky rozestavěné stavby, po dokončení se přesunula do malého skleníku nad vstupní částí Faty Morgany. Definitivní místo pak celá sbírka nalezla v dokončeném pěstebním zázemí v roce 2008, kde se dočkala i náležité péče. I v nepříznivých podmínkách se kolekce orchidejí rozrůstala, v letech 2004 a 2005 o více než stovku druhů z Madagaskaru, v letech 2006 až 2010 o desítky malajských a novoguinejských druhů darovaných botanickou zahradou v Leidenu. Výměnami a dary z mnoha botanických zahrad i od soukromých pěstitelů byly získány další desítky druhů. Návštěvnicky atraktivní velkokvěté druhy byly doplňovány nákupem od specializovaných firem, především z německé Orchids and more a z ekvádorské Ecuagenera. V roce 2010 kolekce orchidejí přesáhla počet 1 000 taxonů. Vědecky zajímavé druhy botanická zahrada získala i během let 2011 až 2013 během spolupráce s Institutem tropické biologie v Ho Či Minově Městě, kdy skupina českých a vietnamských botaniků prováděla průzkum rezervace Hon Ba v jižním Vietnamu. Od roku 2016 Jan Ponert rozšiřuje sbírku orchideje sekce Pleurothallidinae, které zkoumá ve spolupráci s Botanickým ústavem AV ČR v rámci projektu 17-18080S Klíč k evoluční úspěšnosti orchidejí: role celogenomových změn a ekologické speciace u druhově nejbohatší linie.
Bulbophyllum lepidum
V současnosti sbírka obsahuje téměř 2 500 druhů tropických orchidejí a 700 položek terestrických orchidejí. Návštěvníci mohou spatřit kvetoucí druhy ve vitrínách skleníku Fata Morgana, některé orchideje jsou vysazeny přímo v expozicích. Nejvíce orchidejí bývá k vidění během tradiční březnové výstavy orchidejí pořádané od roku 2006. Výstavu každoročně navštíví kolem 20 tisíc lidí. Kurátory sbírky orchidejí jsou Romana Rybková a Jan Ponert. Se sbírkou orchidejí a kapradin je úzce spojena také in vitro laboratoř. První laboratoř vznikla z pamětní síně ve Správní budově 1 v Ornamentální zahradě po roce 1994. Laboratoř založila Helena Štursová, po jejím odchodu se o laboratoř starala Dana Zoubková a Lenka Kratěnová, dnes ji vede Alena Nekolová.
Tropické cibuloviny
V souvislosti s osazováním skleníku Fata Morgana byla kolekce cibulovin rozšířena o vzácnější tropické druhy cibulovin, které pochází z expedice do Nikaraguy a Guatemaly (1997) a z nákupů u soukromých sběratelů v Anglii (2005, 2007) a to především zásluhou Aleny Novákové. Expedice do Jihoafrické republiky v letech 2003 a 2006 a nákupy semen u firmy Silverhill Seeds přinesly značný nárůst počtu kapských druhů, které se uplatnily například v expozici Svět sukulentů (2015).V roce 2012 sbírka zahrnovala 600 druhů z Jižní Afriky a Střední Ameriky, v roce 2016 čítají teplomilné cibuloviny včetně výsevů kolem 1 000 taxonů. V zázemí pravidelně rozkvétají vzácnější americké cibuloviny jako je Pamianthe či Paramongaia. Větší úsilí je však věnováno shromažďování jihoafrických druhů, které by se měly prezentovat v plánovaném expozičním skleníku s mediteránním klimatem v Areálu Sever. Kurátorem sbírky je Alena Nováková.
Masožravé rostliny
První špirlice byly získány z Arboreta Nový dvůr po roce 1994. Byly vystavené ve vitríně v Ornamentální zahradě. To byl prvopočátek sbírky masožravých rostlin. Vznik ucelené sbírky lze datovat výstavbou skleníku Fata Morgana a příchodem Vlastika Rybky, který do zahrady převedl své soukromé sbírky zejména rodu Sarracenia a následně již v Praze rozvíjel sbírku masožravých rostlin v širším rozsahu a připravoval pravidelně výstavy pro veřejnost. Základem sbírky se staly vlastní expediční sběry, rostliny získané výměnou v botanických zahradách a nákupy u specializovaných firem a pěstitelů (Allen Lowrie, Borneo Exotics, Malesiana Tropicals, Neoexotics Thailand, Joachim Nerz, Andreas Wistuba). V roce 2016 již měla sbírka 335 druhů ve všech běžných rodech, celkem 632 evidovaných položek. Velmi bohatá je zejména kolekce nížinných láčkovek, která je jedinečná a nemá daleko do kompletnosti. Co je obzvlášť cenné, že pro některé druhy máme sestavené páry a jsme schopni tyto vzácné láčkovky opakovaně množit, například druh Nepenthes boschiana z Kalimantanu. Bohatá je také kolekce rodu Heliamphora, který se uplatňuje i v expozici skleníku Fata Morgana, a to včetně málo známých a pěstovaných druhů. Hodně rozvinutá je i kolekce druhů čeledi Lentibulariaceae, zejména díky spolupráci s Kamilem Páskem, který má jedinečnou kolekci bublinatek, genlisejí i tučnic. Příliš pozadu nejsou ani rosnatky, především hlíznatých druhů ze západní Austrálie existuje velká kolekce. Kurátorem sbírky je Vlastik Rybka.
Nepenthes ventricosa
Cykasy a palmy
Sbírka se začala rozvíjet pro potřeby skleníku Fata Morgana, kde jsme plánovali vysadit některé zajímavé představitele obou skupin. Úkolu se ujal Vlastik Rybka a zejména nákupem z firmy Rarepalmseeds.com získal mnoho opravdu významných druhů palem, které zde byly dopěstovány ze semen.

Rostliny ve skleníkovém pěstebním zázemí navazujícím na správní budovu, 2013
Skleník Fata Morgana tak získal bohaté zastoupení velmi pozoruhodných palem, srovnání v evropském měřítku jej řadí po bok londýnské Kew Garden a Palmengarten Frankfurt nad Mohanem. Později byly cykasy i palmy získávány také výměnami se zahradami Montgomery Research Center a Fairchild Tropical Botanical Garden z Floridy a Nong Nooch Tropical Botanical Garden z Thajska. Přibyly i nákupy cykasů z jižní Afriky a výměna cykasů s krakovskou BZ. V roce 2016 měla sbírka 260 druhů ze 118 rodů palem a 115 druhů ve všech 10 existujících rodech cykasů. Z palem vysazených ve skleníku Fata Morgana zaslouží zmínku třeba pravidelně kvetoucí samičí rostlina druhu Kerriodoxa elegans z Thajska nebo drobná podrostová Sommiera leucophylla z Nové Guineje, případně větší kolekce jihoasijských druhů rodu Arenga. Do zázemí se podařilo získat i oba vědecky nově objevené rody palem tohoto tisíciletí, tj. Tahina z Madagaskaru a Sabinaria z Kolumbie. Více se však snažíme soustředit na podrostové druhy palem, které mají v zahradě dlouhodobou perspektivu a některé druhy třeba rodu Chamaedorea i množíme. Naopak madagaskarské podrostové druhy rodu Dypsis se ukazují jako pěstitelsky značně obtížné. Dalším směrem ve skupině palem je kultura druhů, které jsou tolerantní k nízkým teplotám ze subtropů různých částí světa, jak vlhkých, tak suchých. Za cenný lze považovat téměř kompletní rod Rhapis, oba druhy čínského rodu Guihaia, druhy z jihovýchodu USA, případně jihoamerické.
Nížinný deštný les ve skleníku Fata Morgana, 2006
U Správní budovy 1 byly kryté záhony pro cibuloviny, kosatce a sukulenty
Sommieria leucophylla
Máme také všechny rody palem z ostrova Lord Howe u Austrálie. Mnoho palem, které zde jsou, patří do kategorie kriticky ohrožených druhů ve své domovině. Druhy této skupiny umisťujeme na letní období ven a některé jsou trvale vysazené ve volné kultuře se zimní ochranou, případně jsou na takové výsadby určeny. Kolekce cykasů je rovněž velmi rozsáhlá. Ve skleníku Fata Morgana žel mnohé druhy trpí škůdci. Přesto je v něm několik pozoruhodných druhů; v suché části skleníku například několik druhů rodu Macrozamia nebo Encephalartos horridus, v tropické části roste skupinka rodu Bowenia, samičí rostlina Cycas wadei a vzácný vietnamský Cycas aculeata. Těžiště sbírky je však v zázemí, kde je především rozsáhlá kolekce rodu Zamia, ze které máme u několika kriticky ohrožených druhů i rozmnožující se skupiny s více samci i samicemi. Zmínku zaslouží především Zamia purpurea, kterou opakovaně množíme a kdy nám dorůstá už druhá generace dospělých rostlin. Obě pohlaví máme také u neobvyklého druhu Stangeria eriopus. Z ostatních vzácností zaslouží rozhodně zmínku Cycas lindstromii, Encephalartos hirsutus a Encephalartos latifrons a také kubánský Microcycas calocoma. Kurátorem sbírky je Vlastik Rybka.
Zázvorovité
První velkou skupinu zázvorovitých a jim příbuzných rostlin kostusovitých získala zahrada při expedičním sběru ve Vietnamu již v roce 1999 (Jiří Haager a Romana Rybková).
Curcuma petiolata 'Emperor’
Burbidgea schizocheila
Tyto rostliny byly použity i během prvního osazování skleníku Fata Morgana, a to v jeho nížinné i horské části. Díky dlouhodobé spolupráci s Janou Leong-Škorničkovou z botanické zahrady v Singapuru vznikala od roku 2001 postupně velmi cenná kolekce zázvorovitých rostlin se známým botanickým původem. Za zmínku určitě stojí rozsáhlá kolekce kurkum (asi 200 položek) pocházející především z Indie a Indonésie. Nejcennější druhy získala zahrada prostřednictvím expedičních sběrů našich zaměstnanců i externích spolupracovníků (Jana Leong-Škorničková, Otakar Šída, Martin Dančák). Velmi zajímavé rostliny do sbírky nám darovaly i botanické zahrady ve skotském Edinburgu (2006) a Singapuru (2019). Během posledních pěti let došlo k dosadbám ve skleníku Fata Morgana i k významnému posílení kolekce zimovzdorných zázvorovitých rostlin ve venkovních expozicích. V roce 2019 našlo několik čínských sběrů své místo i v nově zbudovaném skleníku Emei Shan. Do roku 2004 se o rostliny starala Romana Rybková, následně až do současnosti Klára Lorencová. V době její mateřské dovolené zastupovala Eva Ješátková a Jan Ponert. V roce 2019 měla sbírka přibližně 500 položek.
Tropické kapraďorosty
Základem současné sbírky tropických kapradin se staly expediční sběry botanické zahrady do Nikaraguy (1997), Guatemaly (1997) a Vietnamu (1999), kterých se zúčastnil Jiří Haager a Romana Rybková.
Epifytní kmen s parožnatkami, 2010
Sbírka se postupně rozšiřovala nejen díky různým expedicím, ale i darům a výměnám s jinými botanickými zahradami a jednotlivci. Postupně byl zkompletován rod Platycerium, ve sbírkách jsou pěstovány a množeny všechny druhy i poddruhy. Významné jsou i rody Drynaria, Aglaomorpha a Lecanopteris, u kterých je zastoupena většina druhů. Sbírka obsahuje i velmi zajímavé druhy rodů Blechnum, Belvisia, Pyrrosia nebo prastaré čeledi Marratiaceae.
Do sbírky patří i tropické vranečky (Selaginella), přesličky (Equisetum), jejichž kolekce zahrnuje všechny druhy, a šídlatky (Isoetes). V roce 2020 sbírka obsahuje kolem 500 druhů tropických kapraďorostů ve všech 13 výtrusných řádech a má tak i značnou vědeckou hodnotu. Velké množství tropických kapradin je vysazeno přímo ve skleníku Fata Morgana, vzácné sbírkové kusy lze vidět při specializovaných výstavách. Kurátoři sbírky jsou Vlastik Rybka a Romana Rybková. Pro množení kapradin z výtrusů je stěžejní práce laboratoře pod vedením Aleny Nekolové.
Myrmekofilní rostliny
V roce 2016 měla sbírka 38 položek z čeledi Rubiaceae a 57 položek z rodu Dischidia. Základ sbírky vznikl zejména poskytnutím semen z botanické zahrady v Leidenu, výměny proběhly také s botanickou zahradou v Liberci. V čeledi Rubiaceae byly doplněny kolekce i nákupy od Andrease Wistuby, který má patrně nejrozsáhlejší sbírku těchto rostlin. Pozornost byla věnována i získávání rostlin z jiných čeledí, například keře rodu Tococa, akácie s výraznými domatii, pepře apod.
Získaný sortiment umožnil uspořádat v roce 2017 jedinečnou výstavu věnovanou této skupině rostlin, ale také mravencům. Sbírka je postupně doplňována, zejména o druhy čeledi Rubiaceae, z dalších skupin doplňujeme spíše jen jednotlivé rostliny. Naprostá většina sbírky je v zázemí, jejich dlouhodobé uplatnění v expozicích skleníku Fata Morgana není příliš schůdné.